February 8, 2024 - BIB 目录

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与相比个在癌和腺瘤中差

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异表达图。下调的之间存在明显的重叠其中腺瘤中个下调的中有个是相同的而上调的中的个中有个是相同的。除了在癌症中逐渐下调外与相比共享的在腺瘤和癌中表现出基本相同的水平图。综上所述结果表明表达的变化主要发生在上皮细胞向腺瘤的转变过程中而不是在恶性转化过程中。表失调。列出了滤泡癌与正常甲状腺滤泡腺瘤与以及与这三项比较中上调和下调最多的个。

如果的校正值低于并且绝对倍数变化

高于则被定义为差异表达折叠变化值调整后的值足球俱乐部足协图查看全尺寸图滤泡癌和腺瘤中的表达。维恩图显示和与正常甲状腺组织相关的差异和常见。差异表达的总数以黑色显示上调和下调的数量分别以绿色和红色显示。图表分别显示种常见上调绿色安提瓜和巴布达商业电子邮件列表和种常见下调红色相对于的倍数变化。引用分子内分泌学杂志下载图下载图表

作为幻灯片推定靶标的计算鉴定和通路分析和样

品的全局表达谱结果用于整合和阵列数据。在初步分析中我们使用中的整合软件计算了差异表哥斯达黎加电话号码列表达转录本中与变化的相对应的预测种子位点。基于绝大多数被相关下调的事实仅考虑表现出相反表达模式的和。我们检测到显着富集精确检验假设个的总数可以在全局水平上靶向个转录本对应于下调的种子位点。组中下调的在近的上调转录本中表现出推定的种子位点这分别将癌与和腺瘤区分开来。

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考虑到计算方法的所有局限性结果表

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明改变的可能对癌症进展过程中观察到的转录组变化产生影响。为了确定生物学途径并进一步证实变化对癌症中基因表达模式产生影响的可能性我们采用了先前报道的靶标识别排名系统等。在目标识别之后综合得分的排名最高的个转录本被加载到软件的基因本体学和通路分析功能中。

近个假定靶点编码的因子被分类为“肿

瘤“癌症和“肿瘤发生值为和分别。当我们探索“生物学功能时一组个转录本和×编码先前在甲状腺癌中描述的因子。与的下调相对应甲状腺癌特异性内的个目标转录本中有个增加。为了进一步检查变化的假定生物学意义我们进行了。通瑞典商业电子邮件列表过综合得分来过滤目标列表并且仅将差异表达的基因纳入分析中如图所示。这产生了个探针组其中个探针组被上调。这个探针对应于个不同的基因这些探针被上传到并进行策划的基因分析。包含我们个基因中的个个探针的“甲状腺癌与我们的目标列表显着相关×。

这个重叠转录本是和和中重叠转录物

和整个簇的相对表达水平描绘在热图和中图。如图热图所示簇中包含的超过的克罗地亚电话号码列表转录本在中也上调。通过比较中的最新特征等进一步强化了和之间重叠的重要性因为和在和中均下调。和之间的重叠表明这些癌症在表达模式上表现出共同特征因此我们检查了乳头状癌和中个靶转录本的表达模式参见热图图。

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根据个转录本显示出和的独特表达模

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式而则通过该基因组进行了明显区分。图查看全尺寸图甲状腺肿瘤中预测的靶转录本的热图。描绘了滤泡癌和正常甲状腺组织中基因表达的未过滤主成分分析。中的热图显示了个上调探针组的相对表达代表个基因符号源自综合得分的预测靶标并经过筛选因此仅将差异表达基因纳入分析中。的热图说明了重叠的个转录本和由基于基因集富集分

析的“甲状腺癌再生性上调簇的个探针代表

的热图中描绘了和中整个簇的相对表达。乳头状癌和间变性癌中个靶转录物的表达模式如图所示。引用分子内分泌学杂志下载图下载图表作为幻灯片选定的增殖效应和功能靶点验证为了检查中强烈下调的和的功能意义我们确定了它们对甲状腺癌细西班牙企业电子邮件列表胞增殖的影响。用和转染细胞并使用作为阴性对照。然而基于标准化细胞指数的倍增时间显示转染后倍增时间显着降低约而的效果仅为图。结果表明的下调可能与的生长有关。为了验证计算预测的目标我们随后用转染细胞并检查全基因组转

录组以鉴定受调节的转录本总共有个转录本下

调个转录本上调。在个计算预测的靶标中有个是下调的。在上调的转录本中只有七个是预塞浦路斯电话号码列表测目标。因此下调的目标在计算预测的目标转录物列表中富集精确检验而没有富集在上调转录本中。我们的数据显示大约的计算预测目标可能代表体内目标。我们随后探索了中个转录本的表达水平。通过值过滤数据得到个差异表达的转

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录本其中显着上调对应于中的丢失图

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和表。最后我们验证了肿瘤组中用于分析的的两个计算预测靶基因和并证明与中的表达显着增加分别为和图。图查看全尺寸图用和转染的滤泡性甲状腺癌细胞增殖的影响。增殖实验的代表性屏幕图显示用转染后滤泡甲状腺细胞系的生长显着减少。转染细胞的倍增时间对于为小时对于为小时对于对照为小时。与对照转染细胞的倍增时间相比转染细胞的倍增时间显着增加而转染细胞的倍增时间不显着。

对于每种类型的转染将转染的细胞一式四

份铺板。该实验在生物学上重复三次。轴代表以小时为单位的时间轴代表标准化细胞指数。引用分子内分泌学杂志下载图下载图表作为幻灯片图查看全尺寸图组织病理学样本中靶转录物的表达模式。双向聚类显示了滤泡性甲状腺癌标本和正常甲状腺斯洛文尼亚企业电子邮件列表组织中个转录物的表达。这些转录本都是经过实验验证和计算预测的靶标精确检验。表达数据按值进行过滤。蓝色方块代表标记为绿色方块。每个转录本都标有其唯一的标识符符号等效基因符号的列表如表所示。

引用分子内分泌学杂志下载图下载图表作为

幻灯片表靶向滤泡癌样本中的转录本。个靶转录物的完整列表与双向簇中所示的唯一标识捷克共和国电话号码列表符探针相匹配图。列出的靶标是最初个计算预测靶标的子集这些靶标与转染前后滤泡性甲状腺癌细胞中的下调转录本相关。该比较产生了个相同的转录本即的计算预测目标是实际目标。在组织病理学滤泡性甲状腺癌标本的数据和过滤数据后检查了个转录本的表达模式最终列表产生了份成绩单。正如滤泡性甲状腺癌样本中预期的那样几乎所有个转录本均显着

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上调滤泡性甲状腺癌标本中的

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目标转录本图查看全尺寸图通过预测的两个靶标的相对表达水平。在肿瘤组个滤泡癌和个正常甲状腺样本中检查的和的两个计算预测靶标的相对表达水平也用于分析。与相比和分别显示出倍和倍相对增加。

蓝色条代表绿色条代表引用分子内分泌

学杂志下载图下载图表作为幻灯片基于的滤泡结节分类为了概述滤泡性肿瘤和爱尔兰商业电子邮件列表和的表达我们使用所有表达的进行了主成分分析图。在这个阶段可以区分两个群体反映了群体之间表达相对较大且一致的差异。通过检验过滤表达值我们得到了个的子集其中滤泡瘤形成可以很容易地与组织区分开。随后我们尝试通过学生的方法将与腺瘤分开。测试特征选择并应用监督学习算法和来生成分类器。

和分类的最佳特征由两个和组成并且

基于两个分类的表达值生成图图。癌症的阴性预测值和阳性预测值均为。用于计丹麦电话号码列表算错误分类率。基于个随机排列分类器的值为。可以转变为概率分类器给出预测类别标签的概率估计即评估预测不确定性。表列出了所有样本的预测概率。样本虽然正确分类但其概率为而错误分类的样本的概率为表明高度不确定而很可能是误诊的癌症。生成能够区分和微浸润癌的分类器是不可行的。即便如此广泛浸润癌与微浸润癌可以通过的表达来区分与微创癌相比的表

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达平均上调三倍而的表达较

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低平均五倍。最后还通过检查了和的表达值这证实了微阵列结果补充图参见本文末尾给出的补充数据部分。为了验证是否可以通过多种方法对甲状腺滤泡恶性肿瘤进行分类我们通过组检测了个个个和个甲状腺样本中的表达水平。图中说明了基于所有样本中表达的总数的概述图。我们专注于构建一个诊断分类器来区分和并发

现由个组成的特征是最有利的由于使

用不同的分析工具和分类的最佳特征由个组成和。基于种的表达值的图如图所示。应用此特征仅导致一种癌症被错误分类并得出的和的均为恶性肿瘤。图查看全尺寸图主成分分析。显示了使用来自微阵列分析的所有对滤泡癌和滤泡腺瘤斯洛伐克企业电子邮件列表以及正常甲状腺的预测。仅使用和的表达值进行的和预测见。显示使用来自组的所有进行的和和的投影。

在中可以看到使用个的表达值对和进行的投影

这些被发现是分类的最佳特征。引用分子内分泌学杂志下载图下载图表作为土耳其电话号码列表幻灯片表分类器的预测概率。使用分类器预测滤泡性腺瘤和滤泡性癌样本的概率成本。样本预测概率样本预测概率错误分类的样本讨论甲状腺乳头状癌和甲状腺髓样癌中许多肿瘤表现出明确的癌基因突变与此相反导致滤泡性肿瘤形成的因果突变尚不完全清楚。因此人们一直致力于定义等生物标志物使

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临床医生能够区分癌与腺瘤以及其

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他甲状腺癌并获得驱动甲状腺肿瘤发生的分子途径的信息。与相比和的表达表现出广泛的变化。我们证实了先前报道的癌症中和的上调以及腺瘤中和的上调等人年等人年并鉴定了许多先前未描述的甲状腺包括其中最引人注目的是和。特别重要的是在新型甲状腺中被发现在癌症中丢失。先前已在绒毛膜癌中描述了也称为的缺失等。

和髓母细胞瘤其损失增加了转移等人

是癌症中少数上调的之一这与尿路上皮癌一致其中是尿液中一种有前途的肿瘤标志物等人。还值得注意因为在恶性黑色素瘤和神经胶质瘤中也观察到表达增加等人等人它与转移和不良预后相关。然而为了证实改变的的生物学意义我们进罗马尼亚商务电子邮件列表行了加权目标识别等然后进行分子通路分析和目标的表达分析因为～％的调控是通过表达水平的变化来反映的等。此外通过将和引入甲状腺癌细胞中检查了这两种的功能。通路分析描绘了编码直接参与甲状腺癌发生和肿瘤发生的蛋白质的

转录本的富集并且在中我们发现与中上

调的基因显着重叠。与的相似性可能并不令人惊讶因为中改变的和中改变的之间存在大量重叠等人。此外在柬埔寨电话号码列表所有基因的中倾向于作为连续体分布范围从相对良好分化的到与非常接近的这与形成自身同质组的乳头状癌不同等人。的共同变化也可以解释为和具有不同于乳头状癌的共同致瘤途径。此外的丢失可能代表滤泡性肿瘤的早期事件因为大多数在腺瘤中也下调。总而言之结果表明观察到的特征的变化

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确实对肿瘤具有功能性影

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响并且可能参与肿瘤发生。减少了细胞生长并且几乎的计算预测靶标实际上在培养的甲状腺细胞中被下调而在缺乏的甲状腺癌中相应上调进一步证实了这一点。拉斯穆森等人。肿瘤收集自连续转诊的患者其性别和年龄与更大规模的流行病学研究一致。此外肿瘤组中不存在明显的致癌突变。为了利用是否可用于描述腺瘤中的我们从两个不同的技术

平台生成了诊断特征检测被纳入作

为独立验证等人。尽管结果需要通过独立研究来证实但这两个平台的性匈牙利企业电子邮件列表能都是可以接受的因为使用微阵列和基于的平台分类器对于恶性肿瘤的分别为和。平台比微阵列平台提供了更好的和分离这体现在更高的准确性上。从临床角度来看从每个单独样本得出的预测概率至关重要因为它们在基于分类的诊断准确性方面提供了定量值可靠性。据此我们发现大多数样本的分类精度很高。既然我们证明了基于的组织病理学滤泡甲

状腺标本的分类是可能的那么下一个明

显的步骤是检查是否可以实施基于的分类作为额外的术前诊断工具。考虑到组织病理学诊断的喀麦隆电话号码列表敏感性和再现性有限基于的分类与病理诊断之间的一致性令人惊讶地高。这可能反映出所有样本均由同一位专门的内分泌病理学家检查的事实。病理学家评估滤泡病变时观察者间差异的研究表明的观察者差异为其中癌

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往往被误诊为腺瘤等人年角

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堂等人。在一项类似的研究中美国和日本病理学家的总体一致性分别为和等人。考虑到所有结果我们得出结论甲状腺滤泡性肿瘤伴随着表达的重大变化这可能直接涉及恶性转化并可能有助于滤泡性甲状腺癌的诊断。补充数据抽象的背景尽管滤泡性甲状腺癌的发病机制及其与滤泡性腺瘤的关系仍不清楚但鉴于与经常发生的之间存在形态和分子相似性详细了解致癌作用将有助于解决科学和临床挑战。

一类新型小非编码与发育和癌症有关可能

为起源提供新线索。对于后一个过程失调的可以协调数百个靶基因的异常表达。目的本研究的目的是鉴定中失调的。设计我们使用两个高密度表达阵列来鉴定和之间差异表达的及其靶基因。通过定量进行验证。我们使用和细胞葡萄牙企业邮箱列表系进一步对体外失调的影响进行功能表征。患者总共分析了个原发甲状腺样本个个个正常对照甲状腺。结果两种特定的和在中显着过表达。在体外任一的过度表达都会诱导增殖而抑制则导致生长停滞。和的过表达抑制了它们在体外和体内预测的靶基因的表达。

结论我们的观察表明和有助于癌变及其

靶基因都可能提供新的分子标记并作为干扰治疗的新靶标这可能使许多下游靶基因的失加拿大电话号码列表调特征正常化。问题部分其他原创文章和是一类新的小非编码转录物被认为在分化和发育过程中充当关键调节因子。液氮中并保存在°下直至提取总。如果剩余足够的细胞材料所有样本要么是额外的样本要么是抽吸物的残余物。

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样本用于验证所识别的组织候

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选标记。记录了所有患者的人口统计数据和分期。实时定量聚合酶链式反应首先通过测定丹麦研究了数百个约个。然后通过实时定量聚合酶链反应验证恶性甲状腺组织与良性甲状腺组织中上调或下调≥倍的基因。混合分析用于标记物鉴定但不提供个体分析信息。合并样本是候选标记物发现集中的组织样本这些样本是从生物库中随机

选择的用于在我们的阵列研究中鉴定≥

倍差异表达的。使用试剂卡尔斯巴德加利福尼亚州从甲状腺组织中提取总。使用测定进行的定量是两步。第一的使用特定引物和逆转录酶试剂盒福斯特城加利福尼亚州从中衍生出互补。将总μ在μ反应液中反转录德国企业电子邮件列表为其中包含μ×缓冲液μ脱氧核苷酸三磷酸混合物μ酶μ核糖核酸酶抑制剂μ×引物和μ蒸馏水。逆转录反应的循环参数为°分钟°分钟°分钟并在°保持。产物在包含μ×缓冲液μ的μ反应液中从扩增将总μ在μ反应液中反转录为其中包含μ×缓冲液μ脱氧核苷酸三磷酸混合物μ酶μ核糖核酸酶抑制剂

引物和μ蒸馏水逆转录反应的循环参数

为°分钟°分钟°分钟并在°保持。产物在包含μ×缓冲液μ的μ开曼群岛电话号码列表反应液中从扩增将总μ在μ反应液中反转录为其中包含μ×缓冲液μ脱氧核苷酸三磷酸混合物μ酶μ核糖核酸酶抑制剂μ×引物和μ蒸馏水。逆转录反应的循环参数为°分钟°分钟°分钟并在°保持。产物在包含μ×缓冲液μ的μ反应液中从扩增°分钟°分钟并在°下保持。产物在包含μ×缓冲液μ的μ反应液中从扩增°分钟°分钟并在°下保持。

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产物在包含缓冲液μ的μ

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反应液中从扩增如图所示μμ水μ聚合酶μ引物和μ。所有反应均在序列检测系统上以μ的最终体积进行。如下将基因表达水平标准化为表达。标准化基因表达∧感兴趣的的的×其中定量循环阈值。所有实验均一式三份进行。细胞生长增殖研究细胞系培养至汇合。将细胞用胰蛋白酶消化并以每孔个细胞的密度放置在孔板中每孔中含有μ培养基。

小时后用转染细胞个基因和以的浓度

使用每孔μ转染试剂目录号根据制造商的方案使用。孵育分钟后将抑制剂前体和转染试剂的混合物添加到每个孔中。然后将细胞板在°下重新孵育。在第天收获细胞板转染。使用氯仿匹兹堡宾夕法尼亚州提取方案在中收获法国企业电子邮件列表每种条件的个孔用于制备。使用试剂盒目录号使用等浓度的来合成。反应在浓度下进行使用引物混合物和。平行使用引物作为对照。使用六次重复进行测定细胞增殖测定试剂盒。使用荧光酶标仪测量纳米激发和发射截止波长为的光密度。

生成细胞数的标准曲线以确定每种条件的细胞数

统计分析和秩和检验用于确定良性和恶性组织学组之间标准化表达水平以及智利电话号码列表病程度的差异。值被认为具有统计显着性。除非另有说明数据以平均值±标准差表示。计算受试者工作特征曲线和曲线下面积以衡量候选诊断标志物的准确性。潜在标志物的阳性预测值计算为真阳性值真阳性假阳性值。阴性预测值计算为真阴性真阴性假阴性值。使用公开数据库分析特定的预测靶标和。结果组织样本阵列分析揭示了

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个基因其在良性和恶性组织样

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本之间的表达存在至少倍的差异表。对从接受手术的患者获得的个组织样本进行了这个基因的表达谱分析。在个候选管家基因和中分析显示是良性和恶性样本中变异性最小且表达量最高的基因。表良性和恶性样品之间表达差异倍的名称恶性良性倍数差异下调上调向下向下向下向下向下向上向上向上向上向上缩写微小。

通过检测在种中和全部下调在所有

良性和恶性组织样本中表达显着差异。这个在滤泡细胞来源的良性和恶性样本之间以及细胞肿瘤的良性和恶性样本之间也有显着差异表达图。与滤泡性腺瘤相比只有在中显着过表达。正常组织样本和良性组织样本之间或者样芬兰企业电子邮件列表本和样本之间个均没有显着差异。然而在滤泡变体和良性样本之间存在显着差异。仅在表达以及标准化表达中均注意到所有显着差异。详细信息位于图片后面的标题中图在图查看器中打开微软幻灯片软件显示个的平均表达水平标准化为在良性和恶性组织样本之间表达显着不同。

区分良性和恶性甲状腺肿瘤的最高诊断准

确度为细胞肿瘤和为滤泡性肿瘤为图。几个已发表的序列和注智利电话号码列表释的可搜索数据库为区分提供了靶基因表。详细信息位于图片后面的标题中图在图查看器中打开微软幻灯片软件总体良性与恶性样本拟合面积。良性与恶性ü细胞样本拟合面积。总体良性与恶性样本拟合面积。良性与恶性滤泡样本拟合面积。良性与恶性ü细胞样本拟合面积。总体良性与恶性样本拟合面积。良性与恶性ü细胞样本拟合面积。总体良性与恶性样本拟合面积。